สนามบินนานาชาติอู่ตะเภา ดำเนินการบริหารโดยคณะกรรมการบริหารสนามบินอู่ตะเภา ซึ่งแต่งตั้งจากกองทัพเรือโดยอาศัยอำนาจจากมติคณะรัฐมนตรี เมื่อ 21 ก.พ. 32 โดยอนุมัติให้กองทัพเรือเป็น ผู้บริหารสนามบินอู่ตะเภาร่วมกับกรมการบินพาณิชย์ และต่อมาเมื่อ พ.ศ.2539 ทร.ได้อนุมัติจัดตั้งอัตรากองการท่าอากาศยานอู่ตะเภา เพื่อพลางขึ้นโดยมีโครงสร้างการจัดตามที่แสดงในแผนภาพ